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Run: ERR4188255
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Run ID: ERR4188255

Sample name:

Date: 01-04-2023 04:59:02

Number of reads: 92978

Percentage reads mapped: 6.37

Strain: lineage4.9;La1.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
La1.8 M.bovis None None 0.17
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.92
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.88
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
pncA 2289073 p.His57Asp missense_variant 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5752 c.513G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 6406 c.-896C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8285 c.984C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 0.67
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472501 n.656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
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rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472669 n.824_825insTAGA non_coding_transcript_exon_variant 0.97
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rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
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rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
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rrs 1473123 n.1278A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
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rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
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rrl 1476601 n.2944G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rpsA 1834859 p.Ala440Thr missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102193 p.Arg284Trp missense_variant 1.0
ndh 2103173 c.-132delG upstream_gene_variant 1.0
katG 2155503 c.609C>T synonymous_variant 1.0
katG 2155881 c.231G>A synonymous_variant 0.25
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PPE35 2168814 c.1798dupA frameshift_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
eis 2715347 c.-15C>T upstream_gene_variant 0.4
folC 2746399 c.1200C>T synonymous_variant 0.5
folC 2746412 p.Pro396Leu missense_variant 0.4
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ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087084 c.266delA frameshift_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474427 p.Val141Ile missense_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
clpC1 4038403 c.2302T>C synonymous_variant 1.0
embA 4244220 c.988C>T synonymous_variant 1.0
embB 4246864 c.351C>T synonymous_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 0.75
aftB 4267858 p.Ile327Val missense_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4408237 c.-35C>A upstream_gene_variant 1.0