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Run: ERR4769518
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Run ID: ERR4769518

Sample name:

Date: 01-04-2023 06:43:22

Number of reads: 36210

Percentage reads mapped: 1.79

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5752 c.513G>A synonymous_variant 1.0
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472023 n.178G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472028 n.183A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472030 n.185G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472031 n.186G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472032 n.187G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472033 n.188A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472034 n.189T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472040 n.195T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472041 n.196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472042 n.197T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472043 n.198T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472053 n.211_212delGC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472057 n.212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472062 n.217G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472068 n.223T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472069 n.224G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472085 n.240C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472086 n.241T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472101 n.256G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
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rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472271 n.426T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472277 n.432C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
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rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472297 n.453_465delGTCCGGGTTCTCT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472494 n.649A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472501 n.656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
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rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
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rrs 1472689 n.844C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472690 n.845_846insCCGTA non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
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rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472803 n.958T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
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rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
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rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
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rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
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rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
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rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1473806 n.149C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1473899 n.242A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473916 n.259C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473923 n.266C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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