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Run: SRR1180252
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Run ID: SRR1180252

Sample name:

Date: 03-04-2023 03:56:38

Number of reads: 54343

Percentage reads mapped: 1.57

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.67
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.67
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.67
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.67
rpoC 763718 p.Leu117Val missense_variant 0.67
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.67
rpoC 763724 p.Asp119Asn missense_variant 0.67
rpoC 763729 c.360G>C synonymous_variant 0.67
rpoC 763732 c.363C>G synonymous_variant 0.67
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 0.67
rpoC 763744 c.375G>C synonymous_variant 0.67
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.67
Rv1258c 1407510 c.-170G>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472101 n.256G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472128 n.283G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472262 n.417C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472269 n.424G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472271 n.426T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472277 n.432C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472596 n.751G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472614 n.769G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473054 n.1209C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473083 n.1238G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473110 n.1265T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474524 n.867C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474530 n.873G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474544 n.887G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474562 n.905G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474565 n.908T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474570 n.913G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474571 n.914G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474578 n.921A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474584 n.927C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474586 n.929T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474601 n.944C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474674 n.1018delC non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474903 n.1246T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474928 n.1271C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474933 n.1276A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474934 n.1277C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475508 n.1851A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475526 n.1869C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475532 n.1875A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475544 n.1887A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475550 n.1893A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475633 n.1976G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475760 n.2103C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475782 n.2125T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
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