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Run: SRR5341430
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Run ID: SRR5341430

Sample name:

Date: 04-04-2023 10:21:23

Number of reads: 5516875

Percentage reads mapped: 65.43

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7581 p.Asp94Asn missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472333 n.490dupA non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472338 n.493A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1473862 n.205C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473869 n.212C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473871 n.214T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1473887 n.230T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1473888 n.231T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1473899 n.242A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
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rrl 1473926 n.269G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475115 n.1458A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
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rrl 1475182 n.1525T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
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tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
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PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
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