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Run: SRR6045205
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Run ID: SRR6045205

Sample name:

Date: 04-04-2023 11:54:40

Number of reads: 15169

Percentage reads mapped: 0.85

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 6670 c.-632G>C upstream_gene_variant 1.0
gyrA 6673 c.-629A>C upstream_gene_variant 1.0
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gyrA 6709 c.-593A>G upstream_gene_variant 1.0
gyrA 6712 c.-590G>C upstream_gene_variant 1.0
gyrA 6728 c.-574_-572delCTAinsTTG upstream_gene_variant 1.0
gyrA 6742 c.-560A>G upstream_gene_variant 1.0
gyrA 6745 c.-557T>G upstream_gene_variant 1.0
gyrA 6751 c.-551G>C upstream_gene_variant 1.0
gyrA 6760 c.-542G>C upstream_gene_variant 1.0
gyrA 6763 c.-539G>C upstream_gene_variant 1.0
gyrA 6775 c.-527G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762995 c.-375G>T upstream_gene_variant 1.0
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rpoC 763031 c.-339T>G upstream_gene_variant 1.0
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folC 2746982 p.Gly206Asp missense_variant 1.0