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Run: SRR6982313
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Run ID: SRR6982313

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:33:38

Number of reads: 231172

Percentage reads mapped: 62.36

Strain: lineage4.3.4.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.2 Euro-American (LAM) LAM1;LAM4;LAM11 RD174 1.0
lineage4.3.4.2.1 Euro-American (LAM) LAM11 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6140 p.Val301Leu missense_variant 1.0
gyrB 6875 c.1637dupC frameshift_variant 0.18
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7777 p.Arg159Leu missense_variant 0.15
gyrA 8181 p.Gly294Cys missense_variant 0.12
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
ccsA 620680 p.Lys264Glu missense_variant 0.29
rpoC 763187 c.-183C>A upstream_gene_variant 0.18
rpoC 764253 p.Arg295Leu missense_variant 0.14
rpoC 764893 c.1524T>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 765527 p.Gly720Ser missense_variant 0.27
rpoC 765855 p.Gly829Val missense_variant 0.15
rpoC 766629 p.Arg1087Leu missense_variant 0.13
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775922 c.2559G>A synonymous_variant 0.2
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303242 p.Tyr104* stop_gained 0.12
fbiC 1305494 c.2565_*55delGGCCTAGCCCCGGCGACGATGCCGGGTCGCGGGATGCGGCCCGTTGAGGAGCGGGGCAATCT frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 0.25
embR 1416210 p.Ile380Val missense_variant 0.12
atpE 1461107 c.63C>T synonymous_variant 0.15
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471873 n.28C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472275 n.430A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472838 n.993A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472845 n.1000G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472846 n.1001C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472847 n.1002G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472848 n.1003T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472859 n.1014_1015insA non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472863 n.1018T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472873 n.1028C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473123 n.1278A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473127 n.1282G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
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rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473274 n.1429C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473280 n.1435G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473281 n.1436C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473291 n.1446G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrs 1473297 n.1452G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473303 n.1458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474797 n.1140_1141insTATA non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474800 n.1144_1147delGTGC non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
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rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
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rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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