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Run: ERR10796580
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Run ID: ERR10796580

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:11:52

Number of reads: 2418031

Percentage reads mapped: 99.99

Strain: lineage4.6

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.97
lineage4.6 Euro-American T;LAM None 0.08
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 762089 p.Glu761Asp missense_variant 0.33 rifampicin
rrs 1472362 n.517C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5070 c.-170C>T upstream_gene_variant 0.33
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7539 p.Thr80Ala missense_variant 0.6
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7858 p.Ala186Val missense_variant 0.17
gyrA 8076 p.Val259Ile missense_variant 0.33
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490613 c.-170A>T upstream_gene_variant 0.29
fgd1 491546 p.Thr255Ile missense_variant 0.4
ccsA 620616 p.Phe242Leu missense_variant 0.67
rpoB 759954 p.Val50Ile missense_variant 0.12
rpoC 764810 p.Pro481Thr missense_variant 0.8
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776063 c.2418C>T synonymous_variant 0.4
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 0.29
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 0.33
mmpL5 779280 c.-800G>T upstream_gene_variant 0.67
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781800 c.241C>T synonymous_variant 0.18
fbiC 1303616 p.Ala229Asp missense_variant 0.25
fbiC 1303809 c.879G>A synonymous_variant 0.5
Rv1258c 1406293 p.Gly350Arg missense_variant 0.25
embR 1416410 p.Leu313Arg missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471823 n.-23C>T upstream_gene_variant 0.2
rrs 1472099 n.254G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472141 n.296G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472330 n.485G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472516 n.671C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472517 n.672T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472524 n.679G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472535 n.690C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472545 n.700A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472557 n.712G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473226 n.1381C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473284 n.1439A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473542 n.-116C>T upstream_gene_variant 0.2
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475172 n.1515A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475515 n.1858G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475531 n.1874C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475538 n.1881T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475688 n.2031G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475692 n.2035G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475706 n.2049A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1475760 n.2103C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
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