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Run: ERR161125
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Run ID: ERR161125

Sample name:

Date: 31-03-2023 14:46:51

Number of reads: 134199

Percentage reads mapped: 4.14

Strain: lineage4.3.4

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 0.06
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
rpoB 760748 c.942C>A synonymous_variant 0.67
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 0.75
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
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rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
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rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
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rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
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rrs 1472975 n.1130T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
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rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
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rrs 1472992 n.1147A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
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rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
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rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1473899 n.242A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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rrl 1474927 n.1271delC non_coding_transcript_exon_variant 0.94
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rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
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