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Run: ERR4821054
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Run ID: ERR4821054

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:02:12

Number of reads: 943258

Percentage reads mapped: 77.56

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.2
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 766911 p.Ile1181Ser missense_variant 0.15
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472141 n.296G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472430 n.585C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472480 n.635G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472896 n.1051T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472970 n.1125C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473034 n.1189A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473105 n.1260G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473116 n.1271A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473122 n.1277T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473127 n.1282G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473150 n.1305T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473161 n.1316A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473201 n.1356A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473215 n.1370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473259 n.1414C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473264 n.1419A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473290 n.1445C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473312 n.1467G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473317 n.1472G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474198 n.541G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474468 n.811G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474476 n.819C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474479 n.822A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474482 n.825G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474483 n.826C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1474501 n.844A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475772 n.2115A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1475897 n.2240T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1475900 n.2243A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1475938 n.2281C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475977 n.2320A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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