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Run: ERR4821288
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Run ID: ERR4821288

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:10:13

Number of reads: 1031452

Percentage reads mapped: 57.56

Strain: lineage4.7

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.7 Euro-American (mainly T) T1;T5 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
rpoB 761615 c.1809A>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.36
rpoC 762902 c.-468C>T upstream_gene_variant 0.37
rpoC 762911 c.-459C>T upstream_gene_variant 0.41
rpoC 762917 c.-453C>T upstream_gene_variant 0.41
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.41
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.46
rpoC 762938 c.-432G>C upstream_gene_variant 0.1
rpoC 762944 c.-426C>T upstream_gene_variant 0.41
rpoC 762956 c.-414G>C upstream_gene_variant 0.32
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.37
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.19
rpoC 762995 c.-375G>T upstream_gene_variant 0.17
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763724 p.Asp119Asn missense_variant 0.12
rpoC 763732 c.363C>G synonymous_variant 0.15
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.12
rpoC 764692 c.1323C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.3
rpoC 764731 c.1362G>C synonymous_variant 0.23
rpoC 764737 c.1368G>T synonymous_variant 0.17
rpoC 764746 c.1377G>T synonymous_variant 0.19
rpoC 764755 p.Asp462Glu missense_variant 0.19
rpoC 764758 c.1389C>G synonymous_variant 0.19
rpoC 764760 p.Asn464Ser missense_variant 0.19
rpoC 764764 c.1395T>C synonymous_variant 0.19
rpoC 764767 c.1398G>T synonymous_variant 0.19
rpoC 764776 c.1407C>T synonymous_variant 0.2
rpoC 764785 c.1416C>T synonymous_variant 0.17
rpoC 764791 c.1422C>T synonymous_variant 0.18
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775913 c.2568C>A synonymous_variant 0.12
mmpL5 776146 p.Ala779Pro missense_variant 0.11
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781751 c.192G>C synonymous_variant 0.19
rpsL 781754 c.195G>A synonymous_variant 0.21
rpsL 781760 c.201T>C synonymous_variant 0.22
rpsL 781766 c.207C>T synonymous_variant 0.27
rpsL 781772 c.213C>T synonymous_variant 0.28
rpsL 781796 p.Met79Ile missense_variant 0.23
rpsL 781802 c.243G>C synonymous_variant 0.28
rpsL 781805 c.246G>T synonymous_variant 0.28
rpsL 781811 c.252C>T synonymous_variant 0.27
rpsL 781814 c.255C>T synonymous_variant 0.27
rpsL 781817 c.258G>T synonymous_variant 0.28
rpsL 781829 c.270G>C synonymous_variant 0.28
rpsL 781832 c.273T>C synonymous_variant 0.28
rpsL 781838 c.279G>T synonymous_variant 0.31
rpsL 781903 p.Ser115Ile missense_variant 0.14
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471843 n.-3_-2insTT upstream_gene_variant 0.15
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1471926 n.81C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1471985 n.140T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472282 n.437T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473676 n.19G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473697 n.40C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1473698 n.41G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1473699 n.42A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1473700 n.43G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1473719 n.62G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473728 n.71A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473743 n.86C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1473750 n.93C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1473752 n.95G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1473770 n.113T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474172 n.515C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474173 n.516T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474275 n.618T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474293 n.637_650delCCTCTCCGGAGGAG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474309 n.652G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474311 n.654_655insT non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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