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Run: ERR6140667
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Run ID: ERR6140667

Sample name:

Date: 02-04-2023 01:44:05

Number of reads: 3401224

Percentage reads mapped: 44.14

Strain: La1.8.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
La1 M.bovis None None 1.0
La1.8 M.bovis None None 1.0
La1.8.2 M.bovis None None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75 streptomycin
pncA 2289073 p.His57Asp missense_variant 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5752 c.513G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 6406 c.-896C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8285 c.984C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9217 p.Asp639Ala missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490756 c.-27T>G upstream_gene_variant 0.2
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.17
mshA 576113 p.Arg256Gly missense_variant 0.42
mshA 576456 p.Val370Gly missense_variant 0.27
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 766966 p.Glu1199Asp missense_variant 0.15
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
embR 1416390 c.958C>T synonymous_variant 1.0
atpE 1461173 c.129C>T synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
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rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
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rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
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rrs 1472596 n.751G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
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rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
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rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.52
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rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
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rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
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rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
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rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
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rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
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rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476572 n.2915G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
fabG1 1673558 p.His40Pro missense_variant 0.21
rpsA 1834859 p.Ala440Thr missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102991 p.Val18Met missense_variant 1.0
ndh 2103173 c.-132delG upstream_gene_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155503 c.609C>T synonymous_variant 1.0
katG 2156025 c.87C>A synonymous_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168011 p.Ser868Arg missense_variant 1.0
PPE35 2168319 p.Thr765Ile missense_variant 1.0
PPE35 2168814 c.1798dupA frameshift_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
eis 2715125 p.Thr70Ala missense_variant 1.0
folC 2747631 c.-33C>T upstream_gene_variant 1.0
pepQ 2860159 p.Ala87Gly missense_variant 0.18
thyX 3067429 p.Ala173Thr missense_variant 0.14
ald 3086728 c.-92C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087084 c.266delA frameshift_variant 1.0
fbiD 3339734 p.Ala206Gly missense_variant 1.0
fbiD 3339749 p.Val211Gly missense_variant 0.33
Rv3083 3448783 p.Val94Ile missense_variant 1.0
Rv3083 3449055 c.552C>A synonymous_variant 0.15
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474208 p.Glu68Gln missense_variant 0.17
fprA 3474213 p.Lys69Asn missense_variant 0.17
fprA 3474427 p.Val141Ile missense_variant 1.0
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