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Run: SRR2101540
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Run ID: SRR2101540

Sample name:

Date: 03-04-2023 23:46:48

Number of reads: 916832

Percentage reads mapped: 59.13

Strain: lineage4.3.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.2 Euro-American (LAM) LAM3 None 1.0
lineage4.3.2.1 Euro-American (LAM) LAM3 RD761 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5520 p.Pro94Leu missense_variant 1.0
gyrA 7222 c.-80C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 0.98
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
ccsA 619831 c.-60T>G upstream_gene_variant 0.24
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.27
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472337 n.492C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472847 n.1002G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472867 n.1022T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472873 n.1028C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472954 n.1109T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473094 n.1249T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473127 n.1282G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473280 n.1435G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473281 n.1436C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473289 n.1444_1445insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473296 n.1451G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473297 n.1452G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473303 n.1458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473315 n.1471_1474delCGGC non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474869 n.1212G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475843 n.2186G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
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rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
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rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
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rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
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rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2290107 c.-866T>A upstream_gene_variant 1.0
thyX 3067687 p.Arg87* stop_gained 0.12
thyA 3073833 c.639C>T synonymous_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0