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Run: ERR4815452
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Run ID: ERR4815452

Sample name:

Date: 01-04-2023 13:52:27

Number of reads: 4639294

Percentage reads mapped: 83.43

Strain: lineage4.3.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.3 Euro-American (LAM) LAM;T RD115 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777254 c.1227G>A synonymous_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473270 n.1425G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473289 n.1444_1445insTTTTG non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474188 n.531G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474275 n.618T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474282 n.625G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
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rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
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rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
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rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
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rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
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rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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