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Run: ERR4819640
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Run ID: ERR4819640

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:13:38

Number of reads: 2937139

Percentage reads mapped: 83.49

Strain: lineage4.6.2.2

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.6 Euro-American T;LAM None 1.0
lineage4.6.2 Euro-American T;LAM RD726 1.0
lineage4.6.2.2 Euro-American (Cameroon) LAM10-CAM RD726 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761127 p.Ser441Ala missense_variant 0.12 rifampicin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.16
rpoB 761133 c.1327T>C synonymous_variant 0.14
rpoB 761150 c.1344A>T synonymous_variant 0.14
rpoB 762026 c.2220G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 762050 c.2244G>A synonymous_variant 0.13
rpoB 762051 p.His749Tyr missense_variant 0.13
rpoB 762057 p.Ile751Val missense_variant 0.12
rpoB 762062 c.2256T>C synonymous_variant 0.12
rpoB 762065 c.2259T>C synonymous_variant 0.13
rpoB 762071 p.Asp755Glu missense_variant 0.13
rpoB 762080 c.2274G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 762085 p.Ala760Glu missense_variant 0.12
rpoB 762089 c.2283G>A synonymous_variant 0.12
rpoB 762092 c.2286G>A synonymous_variant 0.12
rpoB 762218 c.2412T>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762234 p.Pro810Ser missense_variant 0.11
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.16
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.14
rpoB 763077 p.Val1091Thr missense_variant 0.15
rpoC 763103 c.-267G>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763115 c.-255T>C upstream_gene_variant 0.15
rpoB 763119 p.Asn1105Asp missense_variant 0.15
rpoC 763127 c.-243G>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763133 c.-237G>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763675 c.306C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.27
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.26
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.26
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.26
rpoC 763718 p.Leu117Val missense_variant 0.24
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 763724 p.Asp119Asn missense_variant 0.25
rpoC 763729 c.360G>C synonymous_variant 0.26
rpoC 763732 c.363C>G synonymous_variant 0.27
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 0.27
rpoC 763744 c.375G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.24
rpoC 763772 p.Val135Met missense_variant 0.19
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.18
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.18
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.27
rpoC 764647 c.1278C>T synonymous_variant 0.24
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.21
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.21
rpoC 764656 c.1287C>T synonymous_variant 0.21
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.21
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.2
rpoC 764678 p.Lys437Gln missense_variant 0.19
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.15
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpR5 778298 c.-692C>T upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
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rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
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rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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rrl 1474356 n.699T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1474363 n.706A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1475529 n.1872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475532 n.1875A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475767 n.2110_2111insT non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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