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Run: ERR4820723
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Run ID: ERR4820723

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:50:32

Number of reads: 868830

Percentage reads mapped: 66.44

Strain: lineage4.4.1.1

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.1 Euro-American (S-type) S;T None 1.0
lineage4.4.1.1 Euro-American S;Orphans None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761127 p.Ser441Ala missense_variant 0.12 rifampicin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 7187 p.Ile650Val missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491440 p.Arg220* stop_gained 0.11
rpoB 761051 c.1245G>C synonymous_variant 0.22
rpoB 761054 c.1248G>C synonymous_variant 0.17
rpoB 761057 c.1251G>C synonymous_variant 0.17
rpoB 761060 c.1254C>G synonymous_variant 0.17
rpoB 761084 c.1278C>A synonymous_variant 0.16
rpoB 761088 c.1282_1283delAGinsTC synonymous_variant 0.15
rpoB 761096 c.1290G>C synonymous_variant 0.19
rpoB 761097 c.1291_1293delAGCinsTCG synonymous_variant 0.19
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.19
rpoB 761132 c.1326G>C synonymous_variant 0.14
rpoB 761133 c.1327T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.19
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.2
rpoB 763038 p.Thr1078Ala missense_variant 0.18
rpoC 763043 c.-327G>C upstream_gene_variant 0.18
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.2
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.18
rpoB 763077 p.Val1091Thr missense_variant 0.19
rpoC 763103 c.-267G>C upstream_gene_variant 0.1
rpoC 763115 c.-255T>C upstream_gene_variant 0.1
rpoB 763119 p.Asn1105Asp missense_variant 0.1
rpoC 763675 c.306C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.14
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763718 p.Leu117Val missense_variant 0.16
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 763724 p.Asp119Asn missense_variant 0.16
rpoC 763729 c.360G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763732 c.363C>G synonymous_variant 0.17
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763744 c.375G>C synonymous_variant 0.19
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.19
rpoC 763765 c.396T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764485 c.1116G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764491 c.1122G>T synonymous_variant 0.11
rpoC 764509 c.1140G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764512 c.1143G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764548 c.1179G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764551 c.1182G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.19
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.22
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.21
rpoC 764632 c.1263T>A synonymous_variant 0.22
rpoC 764647 c.1278C>T synonymous_variant 0.25
rpoC 764650 c.1281G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 764656 c.1287C>T synonymous_variant 0.18
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.15
rpoC 764678 p.Lys437Gln missense_variant 0.15
rpoC 765794 p.Gly809Ser missense_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 778300 p.Ala61Ser missense_variant 1.0
mmpS5 778608 p.Ala100Thr missense_variant 0.1
mmpR5 779234 p.Arg82Gln missense_variant 0.13
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781796 p.Met79Ile missense_variant 0.11
rpsL 781802 c.243G>C synonymous_variant 0.12
fbiC 1304811 c.1881C>G synonymous_variant 0.1
fbiC 1304817 c.1887T>C synonymous_variant 0.13
fbiC 1304829 c.1899T>C synonymous_variant 0.22
fbiC 1304832 c.1902C>G synonymous_variant 0.22
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471967 n.122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1471980 n.135G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1471981 n.136C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472451 n.606C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472461 n.616G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472971 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472972 n.1127T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473091 n.1246G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473120 n.1275C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473132 n.1287T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474163 n.506C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474174 n.517A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474186 n.529A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474201 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474201 n.545T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474286 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474287 n.630T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474291 n.635_649delTTCCTCTCCGGAGGA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474311 n.656_657dupTG non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474451 n.794T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474466 n.809G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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