Run ID: ERR4820723
Sample name:
Date: 01-04-2023 16:50:32
Number of reads: 868830
Percentage reads mapped: 66.44
Strain: lineage4.4.1.1
Drug-resistance: RR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.4 | Euro-American | S;T | None | 1.0 |
lineage4.4.1 | Euro-American (S-type) | S;T | None | 1.0 |
lineage4.4.1.1 | Euro-American | S;Orphans | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761127 | p.Ser441Ala | missense_variant | 0.12 | rifampicin |
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 | streptomycin |
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rrs | 1473329 | n.1484G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 7187 | p.Ile650Val | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491440 | p.Arg220* | stop_gained | 0.11 |
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rpoB | 761057 | c.1251G>C | synonymous_variant | 0.17 |
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rpoB | 761096 | c.1290G>C | synonymous_variant | 0.19 |
rpoB | 761097 | c.1291_1293delAGCinsTCG | synonymous_variant | 0.19 |
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rpoC | 763070 | c.-300T>C | upstream_gene_variant | 0.18 |
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rpoC | 763103 | c.-267G>C | upstream_gene_variant | 0.1 |
rpoC | 763115 | c.-255T>C | upstream_gene_variant | 0.1 |
rpoB | 763119 | p.Asn1105Asp | missense_variant | 0.1 |
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rpoC | 763699 | c.330G>T | synonymous_variant | 0.14 |
rpoC | 763708 | c.339G>C | synonymous_variant | 0.15 |
rpoC | 763714 | c.345G>C | synonymous_variant | 0.15 |
rpoC | 763717 | c.348T>C | synonymous_variant | 0.15 |
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rpoC | 763723 | c.354G>C | synonymous_variant | 0.16 |
rpoC | 763724 | p.Asp119Asn | missense_variant | 0.16 |
rpoC | 763729 | c.360G>C | synonymous_variant | 0.17 |
rpoC | 763732 | c.363C>G | synonymous_variant | 0.17 |
rpoC | 763735 | c.366G>C | synonymous_variant | 0.17 |
rpoC | 763744 | c.375G>C | synonymous_variant | 0.19 |
rpoC | 763751 | p.Ile128Val | missense_variant | 0.19 |
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