TB-Profiler result

Run: SRR10214505
Summary

Run ID: SRR10214505

Sample name:

Date: 02-04-2023 16:35:10

Number of reads: 8663791

Percentage reads mapped: 88.07

Strain: lineage1.2.1.2

Drug-resistance: Sensitive

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.2.1 Indo-Oceanic EAI2 RD239 1.0
lineage1.2.1.2 Indo-Oceanic NA RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9260 c.1959G>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575368 c.21T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 0.96
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpS5 779624 c.-719G>A upstream_gene_variant 0.41
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
atpE 1460907 c.-138T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472517 n.672T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472675 n.832delC non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472686 n.841G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473062 n.1217T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473065 n.1220C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473147 n.1302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473288 n.1443C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473289 n.1444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474558 n.901G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474732 n.1075A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474830 n.1173A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475782 n.2125T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475788 n.2131C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476325 n.2668A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476491 n.2834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917925 c.-15A>C upstream_gene_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 0.99
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
kasA 2519048 p.Gly312Ser missense_variant 1.0
ahpC 2726051 c.-142G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339417 c.300A>G synonymous_variant 1.0
Rv3083 3448714 p.Asp71His missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474597 c.591C>A synonymous_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
whiB7 3568488 c.191delG frameshift_variant 1.0
fbiB 3640557 c.-978T>C upstream_gene_variant 1.0
alr 3841397 c.24C>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4040517 p.Val63Ala missense_variant 1.0
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embC 4241042 p.Asn394Asp missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243580 c.348G>A synonymous_variant 1.0
embA 4244420 c.1188G>C synonymous_variant 1.0
embA 4245969 p.Pro913Ser missense_variant 1.0
embB 4247578 c.1065G>A synonymous_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
ethA 4328359 c.-886C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338361 p.Arg54Gln missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338603 c.-82C>T upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407873 c.330G>T synonymous_variant 1.0