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Run: SRR1062860
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Run ID: SRR1062860

Sample name:

Date: 02-04-2023 18:37:17

Number of reads: 1608720

Percentage reads mapped: 29.94

Strain: lineage2.2.1.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 0.99
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 0.99
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
lineage2.2.1.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD150 RD105;RD207;RD181;RD150 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 0.97
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472263 n.418C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472271 n.426T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472277 n.432C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
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rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472591 n.746G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473091 n.1246G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473097 n.1252G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrl 1474530 n.873G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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rrl 1474539 n.882C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
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rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
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rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
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rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
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rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
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rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 0.97
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Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 0.97
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ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
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embC 4240921 c.1059C>T synonymous_variant 0.12
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aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
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