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Run: SRR1180237
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Run ID: SRR1180237

Sample name:

Date: 03-04-2023 03:54:24

Number of reads: 496293

Percentage reads mapped: 14.42

Strain: lineage4.1.2

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 0.89
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 0.85
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7323 p.Pro8Ala missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 0.8
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491431 p.Ala217Ser missense_variant 0.18
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 0.93
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764906 p.Glu513Lys missense_variant 0.17
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 0.57
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776659 p.Asp608Asn missense_variant 0.86
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rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
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rrl 1476624 n.2967T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
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rrl 1476637 n.2980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476657 n.3000G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476661 n.3004A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
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PPE35 2168501 p.Phe704Leu missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518397 p.Trp95Arg missense_variant 0.18
Rv2752c 3065020 p.Arg391Leu missense_variant 0.15
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 0.92
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 0.89
alr 3840591 p.Val277Ala missense_variant 0.22
alr 3841546 c.-126C>A upstream_gene_variant 0.75
alr 3841612 c.-193_-192insC upstream_gene_variant 1.0
rpoA 3878381 c.127C>T synonymous_variant 0.6
clpC1 4038666 p.Gly680Asp missense_variant 0.12
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