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Run: SRR5007155
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Run ID: SRR5007155

Sample name:

Date: 04-04-2023 07:50:55

Number of reads: 2823240

Percentage reads mapped: 63.47

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
katG 2154106 c.2002_2005delTGGG frameshift_variant 0.17 isoniazid
katG 2155490 c.621delT frameshift_variant 0.1 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5621 c.384delT frameshift_variant 0.22
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 0.97
fgd1 490751 c.-32T>G upstream_gene_variant 0.41
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
ccsA 619973 c.94_96delCTG conservative_inframe_deletion 0.11
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.37
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 761829 p.Gly675Cys missense_variant 0.12
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775858 p.Gly875Ser missense_variant 0.13
mmpL5 775926 c.2554delC frameshift_variant 0.12
mmpL5 776216 c.2265G>A synonymous_variant 0.1
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781890 p.Lys111Glu missense_variant 0.1
fbiC 1304500 p.Ala524Thr missense_variant 0.11
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472181 n.336G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472697 n.852T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472955 n.1110C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472956 n.1111T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472977 n.1132G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472990 n.1145A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472991 n.1146G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473091 n.1246G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473120 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473288 n.1443C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474489 n.832T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474799 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474800 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474801 n.1144G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474869 n.1212G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
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rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
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