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Run: SRR6153231

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Run ID: SRR6153231

Sample name:

Date: 04-04-2023 13:18:04

Number of reads: 496779

Percentage reads mapped: 6.63

Strain: lineage4.4.1.2

Drug-resistance: Sensitive


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 0.99
lineage4.4.1 Euro-American (S-type) S;T None 0.99
lineage4.4.1.2 Euro-American T1 None 0.96
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6233 p.Ala332Ser missense_variant 0.29
gyrB 6633 p.Gly465Val missense_variant 0.2
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 0.75
gyrA 7979 c.678G>T synonymous_variant 0.18
gyrA 8390 c.1089C>A synonymous_variant 0.2
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9688 p.Arg796Gln missense_variant 0.18
rpoB 760947 p.Asn381His missense_variant 1.0
rpoB 761035 p.Thr410Lys missense_variant 0.2
rpoB 762362 p.Glu852Asp missense_variant 0.15
rpoC 764335 c.966G>T synonymous_variant 0.22
rpoC 765147 p.Pro593His missense_variant 0.33
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777023 c.1458G>T synonymous_variant 0.17
mmpS5 779565 c.-660G>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406293 p.Gly350Trp missense_variant 0.18
embR 1416410 p.Leu313Pro missense_variant 0.15
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472338 n.493A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472471 n.626G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472970 n.1125C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473121 n.1276_1277insA non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473131 n.1286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474088 n.431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474236 n.579G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474528 n.871T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474530 n.873G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474539 n.882C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474552 n.895C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474555 n.898T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474562 n.905G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474565 n.908T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474570 n.913G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1474578 n.921A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1474586 n.929T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474758 n.1101G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
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rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
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rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
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rrl 1474927 n.1271delC non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474946 n.1289C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
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rrl 1475109 n.1452C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1475115 n.1458A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475843 n.2186G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475849 n.2192G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
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