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Run: SRR6785301
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Run ID: SRR6785301

Sample name:

Date: 04-04-2023 15:43:37

Number of reads: 1541631

Percentage reads mapped: 56.91

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 766645 p.Glu1092Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406520 p.Gly274Glu missense_variant 0.13
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrs 1472544 n.699C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrs 1472607 n.762G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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rrs 1472612 n.767G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472615 n.770C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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rrs 1472643 n.798A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
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rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
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rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
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rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
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rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
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