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Run: SRR6982099
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Run ID: SRR6982099

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:27:20

Number of reads: 756772

Percentage reads mapped: 53.73

Strain: lineage4.3.4.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.98
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 0.95
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 0.93
lineage4.3.4.2 Euro-American (LAM) LAM1;LAM4;LAM11 RD174 0.92
lineage4.3.4.2.1 Euro-American (LAM) LAM11 RD174 0.92
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6140 p.Val301Leu missense_variant 0.71
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491087 p.Phe102Ser missense_variant 0.11
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 0.13
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 0.21
rpoB 760643 c.842delC frameshift_variant 0.12
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 0.85
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 0.2
mmpL5 776713 p.His590Tyr missense_variant 0.12
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303084 p.Gly52Cys missense_variant 0.14
Rv1258c 1406372 c.969G>T synonymous_variant 0.11
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 0.12
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
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rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
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rrs 1472659 n.814G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
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rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472679 n.834_835insAC non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472684 n.841_846delGATCCG non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
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rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
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rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
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rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
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rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
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rrl 1476637 n.2980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
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tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2155752 c.360C>T synonymous_variant 0.15
PPE35 2167845 p.Ser923Ile missense_variant 0.11
PPE35 2170515 p.Gly33Glu missense_variant 0.11
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
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thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 0.9
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
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ddn 3986755 c.-89G>T upstream_gene_variant 0.12
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 0.88
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aftB 4267795 p.Ala348Pro missense_variant 0.2
aftB 4268208 p.Arg210Leu missense_variant 0.13
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gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 0.27
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 0.87