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Run: ERR10796625
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Run ID: ERR10796625

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:12:45

Number of reads: 3761549

Percentage reads mapped: 100.0

Strain: lineage4.4.1.1

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.1 Euro-American (S-type) S;T None 0.99
lineage4.4.1.1 Euro-American S;Orphans None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761154 p.Ser450Ala missense_variant 0.21 rifampicin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5822 p.Gln195Glu missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576023 p.Ser226Thr missense_variant 0.14
rpoC 764623 c.1254C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.21
rpoC 764665 c.1296C>G synonymous_variant 0.25
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.19
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777906 c.573_574delGC frameshift_variant 0.12
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1471911 n.66C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472108 n.263C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472129 n.284G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472135 n.290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472138 n.293C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472153 n.308G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472223 n.378C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472252 n.407G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472256 n.411T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472277 n.432C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472278 n.433C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472333 n.488G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472390 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472391 n.546C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472970 n.1126delG non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472975 n.1130T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473001 n.1156G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473002 n.1157G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473008 n.1163C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473009 n.1164T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473193 n.1348G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473204 n.1359C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474674 n.1018delC non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1475874 n.2217C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475877 n.2220C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476126 n.2469C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
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