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Run: ERR323061
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Run ID: ERR323061

Sample name:

Date: 01-04-2023 00:49:27

Number of reads: 32102

Percentage reads mapped: 0.68

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
rpoB 762911 p.Ile1035Met missense_variant 1.0
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762930 p.Pro1042Ser missense_variant 1.0
rpoC 762936 c.-434_-432delTCGinsAGC upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762939 p.Met1045Leu missense_variant 1.0
rpoB 762942 p.Ile1046Val missense_variant 1.0
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 0.67
rpoC 762989 c.-381G>T upstream_gene_variant 0.67
rpoC 764485 c.1116G>C synonymous_variant 0.67
rpoC 764491 c.1122G>T synonymous_variant 0.67
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472138 n.293C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
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rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
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rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
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rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472263 n.418C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
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rrs 1472277 n.432C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472694 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472697 n.852T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472733 n.888G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
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rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
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rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472803 n.958T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472827 n.982G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.88
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rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472983 n.1138A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
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rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472992 n.1147_1148insT non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
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rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
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rrl 1475849 n.2192G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
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rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
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rrl 1475869 n.2212C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475880 n.2223C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
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rrl 1476100 n.2443A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrl 1476115 n.2458T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476122 n.2465A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476126 n.2469C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476128 n.2471T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
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