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Run: ERR4627379
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Run ID: ERR4627379

Sample name:

Date: 01-04-2023 06:34:04

Number of reads: 1733844

Percentage reads mapped: 70.67

Strain: La1.8.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
La1 M.bovis None None 1.0
La1.8 M.bovis None None 1.0
La1.8.1 M.bovis None None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
pncA 2289073 p.His57Asp missense_variant 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5752 c.513G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 6406 c.-896C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8285 c.984C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 8741 c.1440C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9217 p.Asp639Ala missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.19
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 0.97
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472085 n.240C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472086 n.241T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472501 n.656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472669 n.824_825insTAGA non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472701 n.856T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472970 n.1126delG non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472975 n.1130T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472991 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472992 n.1147A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473080 n.1235C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473123 n.1278A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473127 n.1282G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
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rrl 1474236 n.579G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474797 n.1140_1141insTATA non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474800 n.1144_1147delGTGC non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
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rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475154 n.1497C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1475574 n.1917C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475707 n.2050T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
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rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
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rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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