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Run: SRR6045553
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Run ID: SRR6045553

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:01:14

Number of reads: 81722

Percentage reads mapped: 3.43

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.96
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761127 p.Ser441Ala missense_variant 0.67 rifampicin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 0.75
rpoB 761037 c.1231T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761051 c.1245G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761054 c.1248G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761057 c.1251G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761060 c.1254C>G synonymous_variant 1.0
rpoB 761088 c.1282_1283delAGinsTC synonymous_variant 1.0
rpoB 761097 c.1291_1292delAGinsTC synonymous_variant 1.0
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 1.0
rpoB 761133 c.1327T>C synonymous_variant 0.67
rpoB 762167 c.2361T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762176 c.2370T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762185 c.2379G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.67
rpoC 763636 c.267T>C synonymous_variant 0.5
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.75
rpoC 763647 p.Gly93Ala missense_variant 0.5
rpoC 763655 p.Glu96Lys missense_variant 0.5
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.75
rpoC 763669 c.300C>G synonymous_variant 0.5
rpoC 763696 c.327T>C synonymous_variant 0.5
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763724 p.Asp119Asn missense_variant 1.0
rpoC 763729 c.360G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763732 c.363C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 1.0
rpoC 763765 c.396T>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764801 p.Arg478Cys missense_variant 0.4
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1305407 p.Ser826* stop_gained 0.4
Rv1258c 1407385 c.-45G>A upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473034 n.1189A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474284 n.631_633delCCT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474293 n.637_651delCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474317 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474674 n.1017A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474675 n.1018C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474732 n.1075A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474852 n.1195T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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