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Run: SRR6046273
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Run ID: SRR6046273

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:14:13

Number of reads: 1595135

Percentage reads mapped: 61.41

Strain: lineage3.1.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 1.0
lineage3.1.2 East-African-Indian CAS;CAS2 RD750 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491027 p.Asn82Thr missense_variant 0.25
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 0.96
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.3
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.3
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 0.98
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 0.97
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.98
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472081 n.236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473097 n.1252G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474674 n.1018delC non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474896 n.1239A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474945 n.1288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475760 n.2103C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475874 n.2217C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
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rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476197 n.2540T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
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