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Run: ERR4818988
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Run ID: ERR4818988

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:51:54

Number of reads: 3037070

Percentage reads mapped: 87.37

Strain: lineage1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5350 c.111C>T synonymous_variant 1.0
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 8693 p.Asp464Glu missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9575 c.2274G>A synonymous_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.99
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 764455 c.1086G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764458 c.1089G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764461 c.1092A>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764485 c.1116G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.11
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1471932 n.87A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472875 n.1030T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1473768 n.111A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473782 n.125A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1473783 n.126A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1473788 n.131A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473797 n.140G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1473806 n.149C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473807 n.150T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473811 n.154C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1473832 n.175C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1473836 n.179A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1473839 n.182G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1473840 n.183A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474437 n.781_782delAA non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
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rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
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rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474904 n.1247G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474928 n.1271C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474933 n.1276A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
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