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Run: ERR4829208
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Run ID: ERR4829208

Sample name:

Date: 01-04-2023 19:20:58

Number of reads: 1872628

Percentage reads mapped: 64.36

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761127 p.Ser441Ala missense_variant 0.12 rifampicin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
gid 4408100 c.102delG frameshift_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mshA 576613 c.1266A>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.1
rpoB 761133 c.1327T>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761152 p.Leu449Gln missense_variant 0.12
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.22
rpoB 762236 c.2430G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.15
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.14
rpoB 762273 p.Ala823Ser missense_variant 0.12
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.14
rpoC 762902 c.-468C>T upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762911 c.-459C>T upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762917 c.-453C>T upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762944 c.-426C>T upstream_gene_variant 0.16
rpoC 762956 c.-414G>T upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764656 c.1287C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764659 c.1290C>T synonymous_variant 0.11
rpoC 764665 c.1296C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764668 c.1299C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764671 c.1302G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 764678 p.Lys437Gln missense_variant 0.16
rpoC 764692 c.1323C>T synonymous_variant 0.27
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.25
rpoC 764731 c.1362G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764737 c.1368G>C synonymous_variant 0.14
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781760 c.201T>C synonymous_variant 0.12
rpsL 781766 c.207C>T synonymous_variant 0.12
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1473890 n.233T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474275 n.618T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474852 n.1195T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474896 n.1239A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475602 n.1945G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475696 n.2039T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475735 n.2078T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475783 n.2126T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475897 n.2240T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475938 n.2281C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476197 n.2540T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476209 n.2552A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476501 n.2844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rpsA 1834213 c.672G>T synonymous_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102817 p.Leu76Val missense_variant 0.17
PPE35 2169088 p.Pro509Ser missense_variant 0.11
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kasA 2519071 p.Asp319Glu missense_variant 0.21
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