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Run: SRR10315465
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Run ID: SRR10315465

Sample name:

Date: 02-04-2023 17:06:32

Number of reads: 4854957

Percentage reads mapped: 74.98

Strain: lineage4.4.1.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 0.99
lineage4.4.1 Euro-American (S-type) S;T None 0.99
lineage4.4.1.1 Euro-American S;Orphans None 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rpsL 781822 p.Lys88Arg missense_variant 0.98 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 0.98 isoniazid, ethionamide
inhA 1674263 p.Ile21Thr missense_variant 0.98 isoniazid, ethionamide
embB 4248003 p.Gln497Arg missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6144 p.His302Arg missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7615 p.Leu105Arg missense_variant 0.97
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.33
rpoC 766485 p.Val1039Ala missense_variant 0.97
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472129 n.284G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472133 n.288G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472181 n.336G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472223 n.378C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473736 n.83delG non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
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rrl 1474317 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
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rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
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rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrl 1474669 n.1012delG non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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rrl 1474722 n.1065T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
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rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474774 n.1117A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474797 n.1140G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474800 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474801 n.1144G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
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