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Run: SRR1181136
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Run ID: SRR1181136

Sample name:

Date: 03-04-2023 04:31:44

Number of reads: 412287

Percentage reads mapped: 8.61

Strain: lineage2.2

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 0.99
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 0.98
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 0.91
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406253 p.Gly363Val missense_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 0.75
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472252 n.407G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472253 n.408G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472262 n.417C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472269 n.424G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472669 n.824_825insTGG non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472733 n.888G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472742 n.897C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1473847 n.190G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1473851 n.194G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473862 n.205C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473867 n.210C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1473871 n.214T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1473888 n.231T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1473899 n.242A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1473923 n.266C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1473926 n.269G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474509 n.852G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474528 n.871T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474530 n.873G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474539 n.882C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474552 n.895C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474558 n.901G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474562 n.905G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474570 n.913G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474571 n.914G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474578 n.921A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474584 n.927C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474586 n.929T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474816 n.1159G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474830 n.1173A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474910 n.1253C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474928 n.1271C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475574 n.1917C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475672 n.2015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
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rrl 1475688 n.2031G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
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rrl 1475707 n.2050T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475747 n.2090A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
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rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1475880 n.2223C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
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rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
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rrl 1476529 n.2872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
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rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476595 n.2938C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476602 n.2945G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476608 n.2951C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476621 n.2964C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476624 n.2967T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476637 n.2980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476657 n.3000G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476661 n.3004A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476664 n.3007T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
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