TB-Profiler result

Run: SRR17406750
Summary

Run ID: SRR17406750

Sample name:

Date: 03-04-2023 17:58:56

Number of reads: 492265

Percentage reads mapped: 26.26

Strain: lineage1.1.2

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 0.99
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.2 Indo-Oceanic EAI3;EAI5 RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5251 c.17delA frameshift_variant 0.25
gyrB 5394 p.Asn52Ser missense_variant 0.2
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrB 6124 c.885C>T synonymous_variant 0.94
gyrA 6460 c.-842G>A upstream_gene_variant 0.12
gyrB 6461 p.Asn408Asp missense_variant 0.12
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8370 p.Arg357Trp missense_variant 0.14
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575407 c.60C>T synonymous_variant 0.17
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777420 p.Gly354Val missense_variant 0.22
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406503 p.Val280Leu missense_variant 1.0
Rv1258c 1407177 p.Leu55Pro missense_variant 0.25
Rv1258c 1407199 p.Ala48Thr missense_variant 0.25
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472108 n.263C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472138 n.293C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472139 n.294C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472146 n.301G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472147 n.302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472207 n.362A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472338 n.493A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472659 n.814G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472970 n.1126delG non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472975 n.1130T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473094 n.1249T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474758 n.1101G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474927 n.1271delC non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474946 n.1289C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475129 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475707 n.2050T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475843 n.2186G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475853 n.2196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476214 n.2557G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476249 n.2592A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476258 n.2601T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
inhA 1673673 c.-529C>A upstream_gene_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2154792 c.1320T>C synonymous_variant 0.11
katG 2154972 c.1140T>C synonymous_variant 0.18
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2167983 p.Gly877Asp missense_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2517930 c.-185A>G upstream_gene_variant 0.29
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
eis 2715016 p.Arg106His missense_variant 0.17
eis 2715243 c.90T>C synonymous_variant 0.2
ahpC 2726051 c.-142G>A upstream_gene_variant 1.0
ribD 2986992 p.Gly52Arg missense_variant 1.0
Rv2752c 3064632 c.1560C>T synonymous_variant 1.0
thyX 3067631 c.315C>A synonymous_variant 0.14
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448714 p.Asp71His missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474597 c.591C>A synonymous_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
Rv3236c 3612218 p.Val300Ala missense_variant 0.17
Rv3236c 3612826 c.291C>T synonymous_variant 0.18
Rv3236c 3613227 c.-111T>G upstream_gene_variant 0.22
alr 3840958 c.461_462delTG frameshift_variant 0.15
clpC1 4039317 p.Glu463Gly missense_variant 0.14
clpC1 4040517 p.Val63Ala missense_variant 1.0
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embC 4241042 p.Asn394Asp missense_variant 1.0
embC 4241602 p.Met580Ile missense_variant 0.13
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243848 p.Val206Met missense_variant 1.0
embA 4245969 p.Pro913Ser missense_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
embB 4249760 p.Ala1083Thr missense_variant 0.13
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
ethR 4328093 p.Thr182Met missense_variant 0.17
whiB6 4338226 p.Ala99Val missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338603 c.-82C>T upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407873 c.330G>T synonymous_variant 1.0