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Run: SRR3675491
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Run ID: SRR3675491

Sample name:

Date: 04-04-2023 05:30:11

Number of reads: 926919

Percentage reads mapped: 30.2

Strain: lineage4.7

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.7 Euro-American (mainly T) T1;T5 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775715 c.2766G>A synonymous_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472846 n.1002delG non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472868 n.1023T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472869 n.1024G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472870 n.1025T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472872 n.1027G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472873 n.1028C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472874 n.1029C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473274 n.1429C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473280 n.1435G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473281 n.1436C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473296 n.1451G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473297 n.1452G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473303 n.1458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473645 n.-12delT upstream_gene_variant 1.0
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476126 n.2469C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2167893 p.Ser907Leu missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2290152 c.-911G>A upstream_gene_variant 1.0
pepQ 2859379 p.Gly347Glu missense_variant 1.0
embC 4240715 p.His285Asn missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243241 c.9C>T synonymous_variant 1.0
embB 4246858 p.Phe115Leu missense_variant 1.0
embB 4249732 c.3219C>G synonymous_variant 1.0
ubiA 4269233 p.Arg201Cys missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407590 p.Ala205Thr missense_variant 1.0