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Run: SRR6981977
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Run ID: SRR6981977

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:23:45

Number of reads: 512374

Percentage reads mapped: 68.17

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 0.98
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491640 c.858G>T synonymous_variant 0.12
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 0.93
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 0.93
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpL5 779088 c.-608A>T upstream_gene_variant 0.25
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
Rv1258c 1407073 p.Pro90Thr missense_variant 0.13
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472669 n.824_825insTAGA non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472837 n.992_993insTCTG non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472867 n.1022T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472873 n.1028C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472954 n.1109T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473127 n.1282G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473274 n.1429C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473280 n.1435G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473281 n.1436C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473288 n.1443C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473296 n.1451G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473297 n.1452G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
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rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475129 n.1472G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1475175 n.1518G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475672 n.2015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1475688 n.2031G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475843 n.2186G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475853 n.2196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
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rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
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