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Run: SRR6982195
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Run ID: SRR6982195

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:30:10

Number of reads: 121389

Percentage reads mapped: 15.41

Strain: lineage4.4

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761033 p.Gln409His missense_variant 0.67 rifampicin
pncA 2288998 p.His82Tyr missense_variant 0.33 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5344 c.105C>A synonymous_variant 0.18
gyrB 5489 p.Ile84Val missense_variant 0.12
gyrB 6987 p.Ser583Tyr missense_variant 0.18
gyrB 7023 p.Leu595Pro missense_variant 0.14
gyrA 7319 p.Leu6Phe missense_variant 0.17
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8081 c.780A>G synonymous_variant 0.2
gyrA 8710 p.Ala470Glu missense_variant 0.25
gyrA 9138 p.Gln613Glu missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576604 c.1257G>A synonymous_variant 0.67
ccsA 619879 c.-12A>T upstream_gene_variant 0.4
ccsA 620266 p.Ala126Thr missense_variant 0.4
rpoB 759624 c.-183G>T upstream_gene_variant 0.29
rpoB 760109 p.Phe101Leu missense_variant 0.29
rpoB 760674 c.868T>C synonymous_variant 0.29
rpoB 760813 p.Ile336Thr missense_variant 0.15
rpoB 761705 c.1899C>A synonymous_variant 0.4
rpoB 761848 p.Cys681Phe missense_variant 0.25
rpoC 762383 c.-987C>A upstream_gene_variant 0.4
rpoB 763251 p.Leu1149Met missense_variant 0.33
rpoC 763886 p.Arg173Gly missense_variant 0.4
rpoC 764444 c.1076delA frameshift_variant 0.29
rpoC 765140 p.Glu591Lys missense_variant 1.0
rpoC 766445 p.Gly1026Ser missense_variant 0.22
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776044 p.Gly813Cys missense_variant 0.17
mmpL5 776795 c.1686C>A synonymous_variant 0.33
mmpL5 777416 c.1065G>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 777975 c.505delG frameshift_variant 0.25
mmpL5 778165 p.His106Asn missense_variant 0.25
mmpS5 778851 p.Ala19Thr missense_variant 0.33
mmpL5 779364 c.-884C>A upstream_gene_variant 0.25
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 800905 p.Pro33Thr missense_variant 0.5
rplC 801088 p.Glu94Lys missense_variant 1.0
rplC 801303 c.495G>T synonymous_variant 0.29
rplC 801415 p.Gly203Ser missense_variant 0.2
fbiC 1303358 p.Ala143Val missense_variant 0.33
fbiC 1303458 c.528G>T synonymous_variant 0.25
fbiC 1303489 p.Leu187Met missense_variant 0.2
fbiC 1304716 p.Ala596Thr missense_variant 0.2
fbiC 1304739 c.1809C>A synonymous_variant 0.17
fbiC 1305029 c.2102delG frameshift_variant 0.33
fbiC 1305387 p.Met819Ile missense_variant 0.15
fbiC 1305432 c.2502C>T synonymous_variant 0.17
Rv1258c 1407313 p.Phe10Leu missense_variant 0.33
atpE 1461044 c.-1A>G upstream_gene_variant 0.25
atpE 1461072 p.Leu10Phe missense_variant 0.33
atpE 1461129 p.Gly29Cys missense_variant 0.29
rrs 1471656 n.-190G>T upstream_gene_variant 0.29
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1471936 n.91A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472018 n.173G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472669 n.824_825insTAGA non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472701 n.856T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472837 n.992_993insTCTG non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472873 n.1028C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473080 n.1235C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473123 n.1278A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473127 n.1282G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473274 n.1429C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473280 n.1435G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473281 n.1436C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
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rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
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rrs 1473297 n.1452G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473303 n.1458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1475754 n.2097G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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rrl 1475774 n.2117C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475777 n.2120A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
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