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Run: SRR6982405
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Run ID: SRR6982405

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Date: 04-04-2023 18:36:23

Number of reads: 120589

Percentage reads mapped: 11.43

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Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4.1.1 Euro-American S;Orphans None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6211 c.972G>T synonymous_variant 0.67
gyrB 6295 c.1056A>G synonymous_variant 0.33
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8626 c.1327delC frameshift_variant 0.25
gyrA 8684 p.Glu461Asp missense_variant 0.18
gyrA 8732 c.1431G>A synonymous_variant 0.22
gyrA 9138 p.Gln613Glu missense_variant 0.78
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 575912 p.Ala189Ser missense_variant 0.29
ccsA 620499 c.609G>A synonymous_variant 0.4
ccsA 620535 p.Met215Ile missense_variant 0.4
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 0.18
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777416 c.1065G>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 779139 c.-659C>G upstream_gene_variant 0.2
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 800747 c.-62C>T upstream_gene_variant 0.2
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
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rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
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rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
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rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
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rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
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rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472838 n.993A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472845 n.1000G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472846 n.1001C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472847 n.1002G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472848 n.1003T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472859 n.1014_1015insA non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472863 n.1018T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472873 n.1028C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.74
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rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
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rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
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rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
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rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
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rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
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rrs 1473123 n.1278A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
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rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
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rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
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rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
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rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473274 n.1429C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473280 n.1435G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473281 n.1436C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473291 n.1446G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473296 n.1451G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473297 n.1452G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1473493 n.-165G>T upstream_gene_variant 0.22
rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474797 n.1140_1141insTATA non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474800 n.1144_1147delGTGC non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
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rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475144 n.1487G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475154 n.1497C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475163 n.1506T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475175 n.1518G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475672 n.2015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1475688 n.2031G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
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rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
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