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Run: SRR7765062
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Run ID: SRR7765062

Sample name:

Date: 04-04-2023 20:19:36

Number of reads: 2713566

Percentage reads mapped: 66.57

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 0.99
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7581 p.Asp94Tyr missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 0.96 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19 streptomycin
rrs 1473246 n.1401A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2289029 p.His71Gln missense_variant 1.0 pyrazinamide
alr 3841409 p.Phe4Leu missense_variant 1.0 cycloserine
embB 4247429 p.Met306Val missense_variant 1.0 ethambutol
ethA 4326132 c.1341delC frameshift_variant 1.0 ethionamide, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 761568 p.Ile588Val missense_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472374 n.529T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472390 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472391 n.546C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472508 n.663T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472583 n.738T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472701 n.856T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472814 n.969G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472936 n.1091C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472970 n.1125C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472971 n.1126G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473105 n.1260G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473288 n.1443C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473324 n.1479G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474201 n.544T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474202 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474290 n.633T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474291 n.635_645delTTCCTCTCCGG non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474305 n.648G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474308 n.653_654delTG non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474356 n.699T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474359 n.702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474381 n.724T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474466 n.809G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474476 n.819C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474483 n.826C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474558 n.901G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474630 n.973T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474660 n.1003G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474673 n.1016T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474690 n.1033C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474752 n.1096delA non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475599 n.1942A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475602 n.1945G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475603 n.1946G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475604 n.1950_1951delAT non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475608 n.1951T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475616 n.1959A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475617 n.1960C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475618 n.1961C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475624 n.1967G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475625 n.1968G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475626 n.1969T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475642 n.1985T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475649 n.1992A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475655 n.1998T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475757 n.2100A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
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