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Run: ERR161014
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Run ID: ERR161014

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Date: 31-03-2023 14:42:40

Number of reads: 486661

Percentage reads mapped: 8.7

Strain: lineage4.3.4.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 0.99
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 0.98
lineage4.3.4.2 Euro-American (LAM) LAM1;LAM4;LAM11 RD174 0.99
lineage4.3.4.2.1 Euro-American (LAM) LAM11 RD174 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6140 p.Val301Leu missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764341 c.972G>T synonymous_variant 0.17
rpoC 764353 c.984G>T synonymous_variant 0.18
rpoC 764359 c.990C>G synonymous_variant 0.18
rpoC 764368 c.999C>A synonymous_variant 0.23
rpoC 764371 c.1002G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764374 c.1005C>T synonymous_variant 0.17
rpoC 764380 c.1011G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764383 c.1014C>T synonymous_variant 0.18
rpoC 764485 c.1116G>T synonymous_variant 0.33
rpoC 764498 p.Ser377Ala missense_variant 0.29
rpoC 764503 c.1134G>C synonymous_variant 0.29
rpoC 764509 c.1140G>C synonymous_variant 0.29
rpoC 764510 c.1141C>T synonymous_variant 0.29
rpoC 764513 p.Phe382Ile missense_variant 0.29
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.31
rpoC 764536 c.1167G>C synonymous_variant 0.44
rpoC 764539 c.1170C>G synonymous_variant 0.44
rpoC 764542 c.1173C>A synonymous_variant 0.4
rpoC 764545 c.1176C>G synonymous_variant 0.44
rpoC 764548 c.1179G>T synonymous_variant 0.44
rpoC 764551 c.1182G>C synonymous_variant 0.44
rpoC 764571 c.1203delG frameshift_variant 0.25
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472271 n.426T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472277 n.432C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
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rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
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rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472716 n.871C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472733 n.888G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
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rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
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rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473102 n.1257C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473107 n.1262G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
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rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
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rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
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rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
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rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
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rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrl 1475061 n.1404C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1475109 n.1452C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
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rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
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rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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