Run ID: ERR1815538
Sample name:
Date: 31-03-2023 15:16:04
Number of reads: 25297741
Percentage reads mapped: 90.88
Strain: La1.7.1
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
La1 | M.bovis | None | None | 1.0 |
La1.7 | M.bovis | None | None | 1.0 |
La1.7.1 | M.bovis | None | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 | streptomycin |
rrs | 1473247 | n.1402C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
pncA | 2289073 | p.His57Asp | missense_variant | 1.0 | pyrazinamide |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 5752 | c.513G>A | synonymous_variant | 1.0 |
gyrA | 6406 | c.-896C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
gyrB | 6446 | p.Ala403Ser | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 8285 | c.984C>T | synonymous_variant | 1.0 |
gyrA | 9143 | c.1842T>C | synonymous_variant | 1.0 |
gyrA | 9217 | p.Asp639Ala | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
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rpoC | 764635 | c.1266C>G | synonymous_variant | 0.11 |
rpoC | 764650 | c.1281G>C | synonymous_variant | 0.11 |
rpoC | 764665 | c.1296C>G | synonymous_variant | 0.1 |
rpoC | 764671 | c.1302G>C | synonymous_variant | 0.1 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
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fbiC | 1302899 | c.-32A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiC | 1305445 | p.Gly839Ser | missense_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1472225 | n.380C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
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rrs | 1472607 | n.762G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
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rrs | 1472790 | n.945T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472828 | n.983T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
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rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
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Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
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ald | 3086728 | c.-92C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3087084 | c.266delA | frameshift_variant | 1.0 |
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fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3474427 | p.Val141Ile | missense_variant | 1.0 |
fprA | 3475159 | p.Asn385Asp | missense_variant | 0.99 |
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rpoA | 3878630 | c.-124delC | upstream_gene_variant | 1.0 |
clpC1 | 4038403 | c.2302T>C | synonymous_variant | 1.0 |
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embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 0.99 |
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embA | 4244220 | c.988C>T | synonymous_variant | 1.0 |
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aftB | 4269351 | c.-515C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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aftB | 4269606 | c.-770T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4407588 | c.615A>G | synonymous_variant | 1.0 |