Run ID: ERR2124083
Sample name:
Date: 31-03-2023 15:52:13
Number of reads: 11934369
Percentage reads mapped: 99.44
Strain: lineage4.6.1.2
Drug-resistance: HR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.6 | Euro-American | T;LAM | None | 1.0 |
lineage4.6.1 | Euro-American (Uganda) | T2 | RD724 | 1.0 |
lineage4.6.1.2 | Euro-American | T2 | RD724 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpsL | 781687 | p.Lys43Arg | missense_variant | 1.0 | streptomycin |
katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 1.0 | isoniazid |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7539 | p.Thr80Ala | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 764810 | p.Pro481Thr | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
embR | 1416410 | p.Leu313Arg | missense_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrl | 1473752 | n.95G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1473806 | n.149C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
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PPE35 | 2170692 | c.-80T>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
eis | 2714308 | p.Pro342Leu | missense_variant | 0.99 |
Rv2752c | 3065920 | p.Pro91Leu | missense_variant | 1.0 |
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fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4245055 | p.Thr608Asn | missense_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |