TB-Profiler result

Run: ERR3335798
Summary

Run ID: ERR3335798

Sample name:

Date: 01-04-2023 01:57:45

Number of reads: 3140319

Percentage reads mapped: 52.8

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: MDR-TB

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 0.99
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rpoC 764841 p.Ile491Thr missense_variant 1.0 rifampicin
rrs 1472359 n.514A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 0.94 isoniazid
pncA 2288704 p.Val180Phe missense_variant 1.0 pyrazinamide
embB 4247429 p.Met306Val missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 0.98
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 0.97
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 766645 p.Glu1092Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 0.98
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 0.97
embR 1416989 c.358delA frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472501 n.656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473123 n.1278A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473127 n.1282G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474236 n.579G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474738 n.1081G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474740 n.1083G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474797 n.1140_1141insTATA non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474800 n.1144_1147delGTGC non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475871 n.2214T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476126 n.2469C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476128 n.2471T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476596 n.2939C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476601 n.2944G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 0.97
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 0.98
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 0.99
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
embA 4245507 p.Gly759Arg missense_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 0.98
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0