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Run: ERR4820019
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Run ID: ERR4820019

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:26:53

Number of reads: 8438607

Percentage reads mapped: 89.36

Strain: lineage4.3.4.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.2 Euro-American (LAM) LAM1;LAM4;LAM11 RD174 1.0
lineage4.3.4.2.1 Euro-American (LAM) LAM11 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6140 p.Val301Leu missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.11
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.1
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472875 n.1030T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473291 n.1446G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.1
rrl 1473836 n.179A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474163 n.506C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
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rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475031 n.1374G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475059 n.1403_1404insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475065 n.1409_1411delCAA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475080 n.1425_1426delCC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475109 n.1452C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475170 n.1513A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475172 n.1515A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475499 n.1842C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475518 n.1861A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475521 n.1864T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475526 n.1869C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475529 n.1872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475532 n.1875A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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