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Run: ERR5162133
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Run ID: ERR5162133

Sample name:

Date: 01-04-2023 22:28:44

Number of reads: 726637

Percentage reads mapped: 34.6

Strain: La1.8.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
La1 M.bovis None None 1.0
La1.8 M.bovis None None 1.0
La1.8.1 M.bovis None None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
pncA 2289073 p.His57Asp missense_variant 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5752 c.513G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 6406 c.-896C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8285 c.984C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 8392 c.1093delT frameshift_variant 0.14
gyrA 8741 c.1440C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9217 p.Asp639Ala missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491260 p.Ala160Ser missense_variant 0.13
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
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mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776758 p.Asp575Tyr missense_variant 0.13
mmpS5 778800 p.Gly36Ser missense_variant 1.0
mmpL5 778834 c.-354G>T upstream_gene_variant 0.2
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rpsL 781636 p.Gly26Asp missense_variant 0.13
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fbiC 1303478 p.Glu183Gly missense_variant 0.1
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rrs 1471679 n.-167C>A upstream_gene_variant 0.13
rrs 1471797 n.-49G>T upstream_gene_variant 0.14
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rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
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rrl 1476596 n.2939C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476601 n.2944G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
fabG1 1673315 c.-125A>G upstream_gene_variant 0.14
rpsA 1834859 p.Ala440Thr missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102193 p.Arg284Trp missense_variant 1.0
ndh 2103173 c.-132delG upstream_gene_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155503 c.609C>T synonymous_variant 1.0
katG 2156025 c.87C>A synonymous_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
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PPE35 2168319 p.Thr765Ile missense_variant 1.0
PPE35 2168814 c.1798dupA frameshift_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
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pncA 2289342 c.-101G>T upstream_gene_variant 0.17
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