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Run: SRR1181161
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Run ID: SRR1181161

Sample name:

Date: 03-04-2023 04:34:02

Number of reads: 114178

Percentage reads mapped: 2.09

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.97
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
mshA 575832 p.Gly162Val missense_variant 1.0
rpoB 762050 c.2244G>A synonymous_variant 0.4
rpoB 762051 p.His749Tyr missense_variant 0.4
rpoB 762057 p.Ile751Val missense_variant 0.4
rpoB 762062 c.2256T>C synonymous_variant 0.4
rpoB 762065 c.2259T>C synonymous_variant 0.4
rpoB 762071 p.Asp755Glu missense_variant 0.4
rpoB 762080 c.2274G>C synonymous_variant 0.4
rpoB 762085 p.Ala760Glu missense_variant 0.4
rpoB 762089 c.2283G>A synonymous_variant 0.4
rpoB 762104 c.2298C>T synonymous_variant 0.67
rpoB 762110 c.2304G>C synonymous_variant 0.67
rpoB 762143 c.2337T>C synonymous_variant 0.67
rpoB 762149 c.2343G>C synonymous_variant 0.67
rpoB 762156 p.Val784Ile missense_variant 0.5
rpoB 762167 c.2361T>C synonymous_variant 0.5
rpoB 762176 c.2370T>C synonymous_variant 0.5
rpoB 762177 p.Arg791Thr missense_variant 0.5
rpoB 762181 p.Asp792Ala missense_variant 0.5
rpoB 762185 c.2379G>C synonymous_variant 0.5
rpoB 762194 c.2388G>C synonymous_variant 0.6
rpoB 762218 c.2412T>C synonymous_variant 0.6
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.67
rpoB 762855 p.Val1017Ile missense_variant 0.62
rpoB 762858 p.Thr1018Ser missense_variant 0.62
rpoC 762863 c.-507T>G upstream_gene_variant 0.62
rpoB 762871 p.Met1022Thr missense_variant 0.62
rpoB 762878 p.Ile1024Met missense_variant 0.62
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.71
rpoC 762887 c.-483G>C upstream_gene_variant 0.86
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 0.88
rpoC 762926 c.-444C>G upstream_gene_variant 0.9
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.82
rpoC 762947 c.-423C>G upstream_gene_variant 0.5
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.43
rpoB 763038 p.Thr1078Ala missense_variant 0.4
rpoC 763043 c.-327G>C upstream_gene_variant 0.5
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.6
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.6
rpoB 763077 p.Val1091Thr missense_variant 0.6
rpoC 763103 c.-267G>C upstream_gene_variant 0.8
rpoC 763115 c.-255T>C upstream_gene_variant 0.75
rpoB 763119 p.Asn1105Asp missense_variant 0.75
rpoC 763127 c.-243G>C upstream_gene_variant 0.75
rpoC 763133 c.-237G>C upstream_gene_variant 0.75
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.43
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.43
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.6
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.6
rpoC 763718 p.Leu117Val missense_variant 0.75
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.75
rpoC 763724 p.Asp119Asn missense_variant 0.75
rpoC 763729 c.360G>C synonymous_variant 0.75
rpoC 763732 c.363C>G synonymous_variant 0.75
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 0.75
rpoC 763744 c.375G>C synonymous_variant 0.75
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.75
rpoC 763772 p.Val135Met missense_variant 0.75
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 0.6
rpoC 765797 c.2431_2435dupTTCAC frameshift_variant 0.5
rpoC 766963 c.3594T>C synonymous_variant 0.5
rpoC 766964 p.Glu1199Gln missense_variant 0.5
rpoC 766972 c.3603G>C synonymous_variant 0.5
rpoC 766973 p.Ala1202Ser missense_variant 0.5
rpoC 766981 c.3612T>C synonymous_variant 0.5
rpoC 766983 p.Pro1205Gln missense_variant 0.5
rpoC 766985 p.Val1206Met missense_variant 0.5
rpoC 766996 c.3627C>T synonymous_variant 0.5
rpoC 767020 c.3651C>G synonymous_variant 0.75
rpoC 767023 c.3654C>T synonymous_variant 0.75
rpoC 767038 c.3669G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 767044 c.3675G>C synonymous_variant 1.0
rpsL 781745 c.186G>A synonymous_variant 0.67
rpsL 781751 c.192G>C synonymous_variant 0.8
rpsL 781766 c.207C>T synonymous_variant 0.83
rpsL 781796 p.Met79Ile missense_variant 1.0
rpsL 781802 c.243G>C synonymous_variant 1.0
rpsL 781811 c.252C>T synonymous_variant 1.0
rpsL 781814 c.255C>T synonymous_variant 1.0
rpsL 781817 c.258G>T synonymous_variant 1.0
rpsL 781832 c.273T>C synonymous_variant 1.0
rpsL 781835 c.276T>C synonymous_variant 1.0
rrs 1471878 n.33C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472128 n.283G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472262 n.417C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472269 n.424G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472271 n.426T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472277 n.432C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472339 n.494C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472415 n.570T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472596 n.751G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472614 n.769G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473054 n.1209C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473083 n.1238G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
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rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474156 n.499G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474163 n.506C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474236 n.579G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474255 n.598C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474524 n.867C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474530 n.873G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474539 n.882C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
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