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Run: SRR6855718
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Run ID: SRR6855718

Sample name:

Date: 04-04-2023 17:43:17

Number of reads: 977504

Percentage reads mapped: 82.91

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
fgd1 491100 c.318C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1305494 c.2565_*55delGGCCTAGCCCCGGCGACGATGCCGGGTCGCGGGATGCGGCCCGTTGAGGAGCGGGGCAATCT frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 0.46
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472838 n.993A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472845 n.1000G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472846 n.1001C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472847 n.1002G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472848 n.1003T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472859 n.1014_1015insA non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472863 n.1018T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472873 n.1028C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrs 1473123 n.1278A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
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rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168524 p.Gly697Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
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embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
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fbiC 1305494 c.2565_*56delCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0
Rv3083 3448497 c.-6_*1408del transcript_ablation 1.0