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Run: SRR6981962
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Run ID: SRR6981962

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Date: 04-04-2023 18:23:12

Number of reads: 142181

Percentage reads mapped: 15.03

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Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3.2.1 Euro-American (LAM) LAM3 RD761 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5520 p.Pro94Leu missense_variant 1.0
gyrB 5672 p.Glu145* stop_gained 0.15
gyrB 6268 c.1029C>A synonymous_variant 0.13
gyrA 7222 c.-80C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9395 c.2094G>T synonymous_variant 0.17
rpoC 764931 p.Ala521Gly missense_variant 0.22
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777776 p.Met235Ile missense_variant 0.5
mmpR5 778355 c.-635G>T upstream_gene_variant 0.25
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304987 p.Pro686Leu missense_variant 0.22
embR 1417262 p.Pro29Gln missense_variant 0.25
atpE 1460909 c.-136C>T upstream_gene_variant 0.33
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472337 n.492C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472669 n.824_825insTGG non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472733 n.888G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472742 n.897C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472838 n.993A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472839 n.994C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472841 n.996G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472844 n.1000delG non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472848 n.1004dupC non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473001 n.1156G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473002 n.1157G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473008 n.1163C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473009 n.1164T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473097 n.1252G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473108 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473112 n.1267A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473119 n.1274_1275insT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473126 n.1282delG non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1473851 n.194G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473888 n.231T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1473926 n.269G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474275 n.618T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1474584 n.927C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
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rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
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rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
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rrl 1475144 n.1487G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475145 n.1488C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475154 n.1497C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475163 n.1506T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475175 n.1518G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
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rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
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