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Run: SRR6982139
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Run ID: SRR6982139

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:28:30

Number of reads: 373201

Percentage reads mapped: 40.67

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 9513 p.Glu738* stop_gained 0.12
gyrA 9793 p.Asn831Ser missense_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 778038 p.Tyr148Phe missense_variant 0.12
mmpR5 778076 c.-914G>T upstream_gene_variant 0.12
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303016 p.Val29Gly missense_variant 0.22
Rv1258c 1407376 c.-36C>A upstream_gene_variant 0.13
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471850 n.5G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472669 n.824_825insTGGA non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472835 n.991delG non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472838 n.993A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472841 n.996G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472845 n.1000G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472846 n.1001C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472847 n.1002G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472848 n.1003T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472851 n.1006A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472856 n.1011T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472873 n.1028C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472877 n.1032T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472954 n.1109T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472992 n.1147A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473002 n.1157G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473008 n.1163C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473102 n.1257C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473123 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473127 n.1282G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
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rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475574 n.1917C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475751 n.2094C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475752 n.2095C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475756 n.2101_2108delACCCGCAA non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475767 n.2110G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475768 n.2111G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
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rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
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rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
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rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
fabG1 1673947 p.Glu170* stop_gained 0.15
rpsA 1834898 p.Ser453Gly missense_variant 0.15
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