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Run: SRR6982472
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Run ID: SRR6982472

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:38:29

Number of reads: 260278

Percentage reads mapped: 31.91

Strain: lineage4.4.1.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.1.1 Euro-American S;Orphans None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9138 p.Gln613Glu missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 575690 p.Gly115Arg missense_variant 0.18
mshA 575960 p.Gln205Lys missense_variant 0.15
rpoB 759612 c.-195C>G upstream_gene_variant 0.12
rpoB 759947 c.141C>T synonymous_variant 0.11
rpoB 760468 p.Asp221Val missense_variant 0.18
rpoB 761580 p.Glu592* stop_gained 0.22
rpoC 763568 c.201_202delGG frameshift_variant 0.17
rpoC 764066 p.Gln233* stop_gained 0.25
rpoC 764792 p.Met475Val missense_variant 0.18
rpoC 765423 p.Asn685Ile missense_variant 0.13
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775956 p.Ile842Thr missense_variant 0.14
mmpL5 776033 c.2447delT frameshift_variant 0.17
mmpL5 776459 c.2022G>A synonymous_variant 0.22
mmpL5 777416 c.1065G>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 778010 p.Gln157His missense_variant 0.25
mmpS5 779523 c.-618T>A upstream_gene_variant 0.12
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801019 p.Thr71Ala missense_variant 0.17
embR 1417376 c.-29T>C upstream_gene_variant 0.14
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1471914 n.69A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472669 n.824_825insTGG non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472733 n.888G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472742 n.897C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472838 n.993A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472839 n.994C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472841 n.996G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472844 n.1000delG non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472848 n.1004dupC non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473001 n.1156G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473002 n.1157G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473008 n.1163C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473009 n.1164T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
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rrl 1474314 n.658dupA non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474758 n.1101G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
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rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
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rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
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rrl 1474910 n.1253C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
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rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1475688 n.2031G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1475707 n.2050T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
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rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
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rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
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rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
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rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
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rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476529 n.2872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476595 n.2938C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476602 n.2945G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476608 n.2951C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
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