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Run: SRR7755652
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Run ID: SRR7755652

Sample name:

Date: 04-04-2023 20:13:23

Number of reads: 7198150

Percentage reads mapped: 94.39

Strain: lineage4.2.1;lineage2.2.1

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 0.37
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.64
lineage4.2 Euro-American H;T;LAM None 0.59
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 0.39
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 0.4
lineage4.2.1 Euro-American (TUR) H3;H4 None 0.64
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7570 p.Ala90Val missense_variant 0.55 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761139 p.His445Asn missense_variant 0.3 rifampicin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 0.7 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 0.36 streptomycin
rpsL 781822 p.Lys88Arg missense_variant 0.54 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14 streptomycin
rrs 1473246 n.1401A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 0.6 isoniazid, ethionamide
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2289201 p.Cys14Tyr missense_variant 0.59 pyrazinamide
eis 2715344 c.-12C>T upstream_gene_variant 0.55 kanamycin
thyX 3067961 c.-16C>T upstream_gene_variant 0.4 para-aminosalicylic_acid
thyA 3073808 p.Arg222Gly missense_variant 0.56 para-aminosalicylic_acid
embB 4247402 p.Ser297Ala missense_variant 0.72 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 0.99
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491247 c.465C>T synonymous_variant 0.57
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 0.44
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 0.32
ccsA 619969 p.Val27Ile missense_variant 0.64
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 0.39
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.43
rpoC 764817 p.Val483Gly missense_variant 0.68
rpoC 766645 p.Glu1092Asp missense_variant 0.35
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 0.33
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 0.36
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 0.37
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 0.44
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473147 n.1302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473291 n.1446_1447insT non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475963 n.2306G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 0.44
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 0.39
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 0.38
PPE35 2169879 p.Phe245Cys missense_variant 0.59
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086742 c.-78A>C upstream_gene_variant 0.49
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 0.98
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 0.4
fbiA 3640675 p.Val45Ile missense_variant 0.66
fbiB 3641810 c.276G>C synonymous_variant 0.37
alr 3840391 p.Asp344Asn missense_variant 0.65
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 0.4
embB 4249594 c.3081G>A synonymous_variant 0.54
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 0.4
ethA 4326339 p.Asn379Asp missense_variant 0.39
ethA 4326632 p.His281Pro missense_variant 0.7
ethA 4328376 c.-903G>C upstream_gene_variant 0.7
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 0.41
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 0.41