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Run: ERR4819002
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Run ID: ERR4819002

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:52:15

Number of reads: 586778

Percentage reads mapped: 49.98

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5709 p.Gly157Asp missense_variant 0.25
gyrB 6707 p.Lys490Glu missense_variant 0.29
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
rpoB 760476 p.Arg224Cys missense_variant 0.25
rpoB 761520 p.Tyr572Leu missense_variant 0.15
rpoB 761534 c.1728G>C synonymous_variant 0.17
rpoB 761537 c.1731C>G synonymous_variant 0.17
rpoB 761557 p.Ala584Gly missense_variant 0.18
rpoB 761562 p.Ala586Ser missense_variant 0.18
rpoB 761565 p.Met587Leu missense_variant 0.17
rpoB 761570 c.1764T>C synonymous_variant 0.17
rpoB 761579 c.1773G>C synonymous_variant 0.18
rpoB 762142 p.Asp779Gly missense_variant 0.2
rpoB 762200 c.2394C>T synonymous_variant 0.18
rpoB 762221 c.2415G>A synonymous_variant 0.21
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.23
rpoB 762234 p.Pro810Ser missense_variant 0.18
rpoB 762239 c.2433G>A synonymous_variant 0.23
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.31
rpoB 762248 c.2442G>A synonymous_variant 0.15
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.21
rpoB 762281 c.2475G>A synonymous_variant 0.15
rpoB 762287 c.2481C>T synonymous_variant 0.15
rpoB 762293 c.2487T>C synonymous_variant 0.17
rpoC 762911 c.-459C>T upstream_gene_variant 0.23
rpoC 762917 c.-453C>T upstream_gene_variant 0.21
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.21
rpoC 762944 c.-426C>T upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762995 c.-375G>T upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763115 c.-255T>C upstream_gene_variant 0.11
rpoB 763162 p.Leu1119Pro missense_variant 0.15
rpoC 763578 p.Phe70Tyr missense_variant 0.33
rpoC 763585 c.216C>G synonymous_variant 0.33
rpoC 763589 p.Ile74Val missense_variant 0.33
rpoC 763615 c.246G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.3
rpoC 763636 c.267T>C synonymous_variant 0.3
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.3
rpoC 763647 p.Gly93Ala missense_variant 0.33
rpoC 763655 p.Glu96Lys missense_variant 0.38
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.22
rpoC 763666 c.297G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 763675 c.306C>G synonymous_variant 0.17
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.25
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.27
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.25
rpoC 763718 p.Leu117Val missense_variant 0.23
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763724 p.Asp119Asn missense_variant 0.15
rpoC 763732 c.363C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.17
rpoC 764572 c.1203G>C synonymous_variant 0.27
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.27
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.3
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.3
rpoC 764602 c.1233C>G synonymous_variant 0.36
rpoC 764605 c.1236G>C synonymous_variant 0.36
rpoC 764611 c.1242G>C synonymous_variant 0.3
rpoC 764623 c.1254C>G synonymous_variant 0.5
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.38
rpoC 764635 c.1266C>G synonymous_variant 0.38
rpoC 764650 c.1281G>C synonymous_variant 0.4
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.45
rpoC 764659 c.1290C>T synonymous_variant 0.33
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764665 c.1296C>G synonymous_variant 0.25
rpoC 764671 c.1302G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 764692 c.1323C>T synonymous_variant 0.15
rpoC 765923 p.Asn852Ala missense_variant 0.14
rpoC 765937 c.2568T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 765940 c.2571A>T synonymous_variant 0.14
rpoC 765947 c.2578T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 765958 c.2589C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 765962 c.2593T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 765967 c.2598C>T synonymous_variant 0.13
rpoC 765988 c.2619G>C synonymous_variant 0.17
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781751 c.192G>C synonymous_variant 0.12
rpsL 781754 c.195G>A synonymous_variant 0.16
rpsL 781760 c.201T>C synonymous_variant 0.17
rpsL 781766 c.207C>T synonymous_variant 0.24
rpsL 781796 p.Met79Ile missense_variant 0.15
rpsL 781802 c.243G>C synonymous_variant 0.2
rpsL 781805 c.246G>T synonymous_variant 0.15
rpsL 781811 c.252C>T synonymous_variant 0.21
rpsL 781814 c.255C>T synonymous_variant 0.21
rpsL 781817 c.258G>T synonymous_variant 0.2
rpsL 781829 c.270G>C synonymous_variant 0.16
rpsL 781832 c.273T>C synonymous_variant 0.16
rpsL 781838 c.279G>T synonymous_variant 0.16
rpsL 781841 c.282C>T synonymous_variant 0.11
fbiC 1304081 p.Ala384Gly missense_variant 0.1
embR 1417150 c.198G>A synonymous_variant 0.12
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471756 n.-90T>C upstream_gene_variant 0.25
rrs 1472068 n.223T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473284 n.1439A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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